公益通報に対する妨害行為（公益通報を行わせないようにしたり、公益通報行為に支障を与える行為など）に対する規定は公益通報者保護法に規定されていません。また、行政が公益通報に対して棚上げ行為を行い放置する、公益通報の情報を漏洩するなどの場合は、公益通報者保護法の範疇ではありません。
公益通報に対する動き、情報が労務提供先、勤務先漏れた場合には（悟られれば）労務提供先が悪質である場合など、必ずといって良いほど。有形無形の圧力を受けることが考えられます。
現行の公益通報者保護法で公益通報に対する妨害行為に当たる場合などに該当する所は何処かな。と素人的に考えれば、第３条３号イ〜ホの要件です。しかし、これはあくまで公益通報を事業者外部に行うための保護要件で、解雇の無効に関わる場合です。
公益通報に対する事前妨害を規定した条文などはありません。当然罰則はありません。しかし公益通報行為に対する圧力や妨害は容易に予想される事。公益通報者保護法、公益通報者保護の視点からの重要な問題点です。
公益通報者保護法、第３条の保護要件イ、ロの「．．．．．．．相当の理由」 立証はどのようにするのでしょうか。公益通報者側からは困難だと考えます。更にハの「公益通報しないことを．．要求された場合」 私は確実な証拠を有して公益通報妨害として主張していますが、一般的にあからさまな要求をされることは少ない。むしろ、暗黙の圧力、正式な配転、転勤にすり替えて、実質的な不利益対応（処分ではない）を行うことが多いと考えます。
私が実際に行われた公益通報妨害の例です
１．病院上司、会議、病院幹部職員に対し、頻回に証拠を提出した上で公益通報を行うと宣言
した私の行為に対し、
・病院に対する内容証明郵便の発送禁止を業務命令で阻止。
・病院幹部職員の呼び出しの際、「静かにしていろ」などのあからさまな要求
・上司職員の配転、転勤を臭わす言動
・証拠を全て提出しろなどの発言、業務命令
・実際に行われた配転
・証拠を提出しても、病院にとって都合が悪いことは証拠として採用せず、作為的に調査を回避。
２．病院調査委員会の公益通報妨害（厳密に考えると、公益通報行為の事後に当たる行為で公益通報行為そのものに対する妨害で
はない。）
・第三者を調査委員会に入れない、作為的、お手盛り的、身内調査
・証拠を提出しても、病院にとって都合が悪いことは証拠として採用せず作為的に調査を回避。
・政治的、策略的行為
３．行政の公益通報妨害行為
・事案の棚上げ
・公益通報の情報漏洩
・独立行政法人の独立性を尊重するなどの理由で調査すら行わない、不作為的対応。 ・公益通報に対する各行政機関のたらい回し。
〔４．特定職員の犯罪的行為とその事実を隠蔽する病院側の隠蔽体質〕
・公益通報行為や注意などに対する腹いせに、公益通報者の配偶者に対する犯罪的行為
（がん患者である配偶者の採血を破棄し、虚偽のデータを入力する。この行為に対して、確実な証拠を提出し、上申、会議上でも抗議、内容証明郵便を送達した。しかし、この事例ですら隠蔽し、対応しなかった。このようなことが行われ、隠蔽されれば、事業者に対する内部公益通報など出来るはずはない。）
病院は、調査報告で、個人的問題としながらも、この事実を認めた。
これらに事実に対する証拠が確実であったからこそ、多くの報道がなされ、世論が騒いだ。しかし、病院側は真実を調査、改善することより、問題をなるべく小さく、回避する方法を選んだ。
２０１２年５月現在でも、あらゆる方策を講じ、報復しようとする意図、動きさえ伺えるのです。
公益通報に対する妨害は、あからさまでない場合が多いのです。公益通報に対しては公益通報妨害行為に対する対抗策、法律による防止、禁止規定、罰則規定を明確にする。これは公益通報制度、趣旨、公益通報者保護にとって必須です。
これだけの行為が行われようと、誰一人、処分など行われていない。（処分すれば自らが認めた事になる）反省するどころか、公益を遵守すべき日本有数の大病院でさえ、このような行為を行う。反省などしていない。隠蔽し、事実回避。これが現実です。
（週刊東洋経済、２０１２．２．２７参照）
